O hipopótamo-pigmeu é endêmico da África Ocidental, sendo registrado na Serra Leoa, Guiné, Costa do Marfim, Libéria e Nigéria.[1] Um registro do rio Corubal na Guiné-Bissaufeito por Cristino (1958), que sustentou ter atirado em um indivíduo, é quase certamente um espécime jovem de hipopótamo-comum.[2] É uma espécie florestal, preferindo as matas densas próximas a cursos d'água, mas que também pode ser encontrada em matas ciliaresque se estendem aos bosques transicionais e ao sul da savana da Guiné.
A área original de distribuição do hipopótamo-pigmeu não difere significativamente da atual, apesar de as populações terem se fragmentado e desaparecido de algumas regiões. As maiores populações da espécie são encontradas na Libéria, onde é registrada nos condados de Grand Cape Mount, Lofa, Grand Bassa, Nimba, Grand Gedeh, Sinoe, Grand Kru e Maryland. As populações estão dispersas em diversas áreas florestais no interior do país, como o Parque Nacional de Sapo, Floresta de Cestos-Senkwehn, Floresta Nacional Krahn-Bassa, Floresta Nacional Gbi, Floresta Nacional Grebo e em diversas áreas no condado de Grand Kru. Não há informações sobre as populações do noroeste do país, que pode abrigar um substancial número de hipopótamos.[2] Estudos sobre essas populações, contudo, têm sido complicados por causa dos conflitos civis no país, tais como a Primeira e a Segunda Guerra Civil da Libéria.
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